熒光顯微鏡能夠觀察到特異性蛋白分子的原理是什么？某些物質經一定波長的光照射后，物質中的分子被激活，吸收能量后躍遷至激發態，當其從激發態返回基態時，所吸收的能量除部分轉化為熱量或用于光反應外，其余較大部分則以光能形式輻射出來，由于能量沒能全以光的形式輻射出來，故所輻射出的光的波長比激發光的要長，這種波長長于激發光的可見光部就是熒光，所謂熒光就是某些物質在一定波長光的照射下，在很短時間內所發出的比照射光波長更長的可見光。

熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡不同，它不是通過普通光源的照明觀察標本，而是利用一定波長的光(通常是紫外光、藍紫光)激發顯微鏡下標本內的熒光物質，使之發射熒光，所以，熒光顯微鏡的光源所起的作用不是直接照明，而是作為一種激發標本的內熒光物質的能源。我們之所以能觀察標本，不是由于光源的照明，而是標本內熒光物質吸收激發的光能后所呈現的熒光現象。