一般情況下熒光顯微鏡是根據光致發光的原理進行的，是利用一定波長的光激發顯微鏡下面樣品標本內的熒光物質。

使得其發射出熒光呈現出熒光圖像，熒光顯微鏡主要特點是它的光源能夠提供給大量特定的波長范圍內的激發光。

而需要觀察的樣品標本內的熒光物質獲得了必要的強度的激發光，為了只讓一特定的波長激發光照射在樣品標本上，必須在激發光光源與顯微鏡間光路中安裝激發濾光器。

而如果為了得到單一的熒光，還需要在物鏡與目鏡間的光路中安裝一吸收濾光片，它能夠將樣品標本吸收后的激發光吸收掉并能夠選擇性的讓某一特定波長的熒光通過。